Les 11 meilleurs logiciels de comptabilité pour TPE/PME : Comparatif 2025

Diriger une TPE ou PME implique de prêter une attention rigoureuse à la gestion comptable, un pilier pour la santé financière de votre entreprise. L'utilisation de logiciels de comptabilité se révèle indispensable pour fluidifier et affiner vos opérations financières, permettant ainsi efficacité et précision.

Un logiciel de comptabilité n’est pas simplement un outil administratif : il devient un véritable partenaire stratégique. Il vous aide à automatiser les tâches chronophages, à sécuriser vos données, et à piloter votre trésorerie en temps réel. Plus qu’un gain de temps, c’est un levier pour prendre de meilleures décisions et faire grandir votre entreprise sereinement.

Dans ce contexte, choisir le bon logiciel n’est plus une option mais un investissement indispensable pour maîtriser vos finances et anticiper l’avenir.

Pourquoi un logiciel de comptabilité est indispensable en 2025 ?

Utiliser un logiciel de comptabilité est devenu incontournable pour simplifier vos obligations administratives, gagner du temps grâce à l’automatisation des tâches, et piloter efficacement votre trésorerie en temps réel. En outre, ces outils renforcent la sécurité de vos données et facilitent votre collaboration avec votre expert-comptable.

Rester conforme sans effort :  Un logiciel dédié intègre automatiquement les mises à jour fiscales et réglementaires (TVA, normes NF203/NF525). Vous évitez ainsi les erreurs coûteuses, les retards de déclaration et les sanctions liées au non-respect des obligations légales

Gagner du temps sur les tâches répétitives : La saisie manuelle et les rapprochements bancaires appartiennent au passé. Avec l’automatisation des écritures, des relances clients et des déclarations, vous libérez plusieurs heures par semaine pour vous concentrer sur la gestion et le développement de votre activité.

Anticiper et piloter vos finances : Avec des tableaux de bord précis qui vous donnent une vision claire de votre trésorerie, de vos marges et de vos prévisions. Ces indicateurs fiables facilitent les décisions importantes, comme un recrutement ou un investissement stratégique.

Simplifier la collaboration avec votre expert-comptable : En centralisant vos données sur une plateforme sécurisée, vous facilitez leur partage et réduisez les allers-retours fastidieux. Résultat : un suivi comptable plus fluide et des conseils plus pertinents pour votre entreprise.

Comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité 2025

Logiciel
Idéal pour
Prix/mois
Points forts
Version gratuite
Indépendants
Dès 12 €
Automatisation complète
TPE / PME
Dès 14 €
Compta + trésorerie
Freelance
Dès 7.20 €
Simplicité micro-entreprise
Nomades
Dès 14,99 €
Application mobile, liaison comptable
TPE/PME
Dès 39 €
ERP comptable complet
TPE commerciales
Dès 49 €
Comptabilité + CRM
PME
Dès 40 €
Certifié NF203, multi-sites
Micro-entreprise
9 €
Devis & factures électroniques illimités

Indy est un logiciel idéalement conçu pour les auto-entrepreneurs et micro-entreprises. Grâce à son système d’automatisation avancée, il simplifie considérablement les tâches administratives comme les déclarations URSSAF, TVA et la synchronisation bancaire. Sa prise en main facile en fait une référence pour ceux qui souhaitent gérer leur comptabilité sans passer par un comptable.

Conseil pratique : Utilisez Indy si vous souhaitez gérer votre comptabilité facilement sans expert-comptable.

Fonctionnalités

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Pennylane se démarque par sa capacité à réunir en une seule plateforme votre comptabilité, votre gestion financière et votre facturation. Il permet un pilotage précis grâce à des tableaux de bord dynamiques et une intégration directe avec les experts-comptables, facilitant les décisions financières stratégiques.

Conseil pratique : Choisissez Pennylane pour une vue complète et en temps réel de votre trésorerie.

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Abby est un excellent choix pour les micro-entrepreneurs qui recherchent une solution simple et entièrement gratuite. Sa facilité d’utilisation permet d’émettre rapidement devis et factures, gérer les déclarations fiscales et piloter son activité depuis un smartphone.

Conseil pratique : À privilégier pour une prise en main rapide et sans engagement.

Fonctionnalités

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Henrri propose une gestion illimitée et entièrement gratuite des devis, factures et relances clients. Conçu pour faciliter le quotidien des indépendants, il s’intègre parfaitement aux pratiques des auto-entrepreneurs et petites entreprises ayant principalement des besoins de facturation.

Conseil pratique : Utilisez Henrri en complément d’un expert-comptable pour une solution économique et complète.

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Axonaut est un outil complet conçu pour simplifier la vie des PME et des indépendants. Il centralise en un seul endroit la gestion commerciale, administrative et financière, avec pour objectif de réduire le temps passé sur les tâches chronophages et d’améliorer la productivité au quotidien.

Côté facturation, la plateforme propose un module très complet : création de devis et factures personnalisés, signature électronique intégrée, paiement en ligne via Stripe ou GoCardless, et transformation automatique d’un devis accepté en facture.

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Freebe.me est un logiciel de gestion conçu pour permettre aux freelances de gérer leur administratif sans y passer des heures. Il centralise tout ce qui compte au quotidien : création de devis et de factures en quelques clics, calcul automatique de la TVA, synchronisation bancaire, relances clients… Le tout dans une interface fluide, intuitive et vraiment adaptée à la réalité d’un indépendant.

Ce qui fait la force de Freebe, c’est l’automatisation intelligente. Une fois votre compte bancaire connecté (via Bankin’), le logiciel associe chaque paiement à la bonne facture, suit vos seuils en temps réel et vous alerte en cas de dépassement. 

Un tableau de bord est clair, précis, et vous donne à tout moment une vue complète de votre activité : chiffre d’affaires, paiements reçus ou en attente, déclarations à venir. Un outil fiable, bien pensé, qui vous fait gagner du temps sans prise de tête.

Fonctionnalités

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Cegid est un logiciel de comptabilité pensé pour les TPE et PME qui veulent gagner du temps tout en gardant une gestion financière rigoureuse. Il couvre tous les besoins : comptabilité générale, analytique, budgétaire… avec une vraie visibilité sur les coûts, les revenus et la rentabilité. Tout est centralisé, clair, et accessible en quelques clics.

Ce qu’on apprécie particulièrement, c’est la partie automatisation. Les relevés bancaires se synchronisent automatiquement, les écritures se créent à partir des factures, et les déclarations (comme la TVA) peuvent être envoyées directement via l’outil, en toute conformité. 

Cegid propose aussi des tableaux de bord personnalisables, un suivi de trésorerie précis, et des outils pour gérer efficacement les échéances clients/fournisseurs. En bref, c’est une solution complète, fiable, et bien adaptée aux petites structures qui veulent garder le contrôle sans complexité inutile.

logo Cegid

Fonctionnalités

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Evoliz séduit par sa simplicité d’utilisation et ses fonctions automatisées telles que les relances clients. Parfait pour les petites structures souhaitant une gestion intuitive et fluide.

Conseil pratique : Optez pour Evoliz si vous cherchez une comptabilité simple mais efficace.

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EBP offre une gestion comptable étendue avec un ERP complet permettant à plusieurs utilisateurs de gérer efficacement les flux comptables et financiers de l’entreprise. Il est idéal pour structurer votre entreprise en pleine croissance.

Conseil pratique : Idéal pour structurer et professionnaliser votre gestion financière.

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Macompta est un outil de comptabilité idéale pour les petites entreprises à la recherche d’un outil fiable et abordable. Elle couvre l’ensemble des besoins comptables jusqu’à la liasse fiscale à un tarif imbattable.

Conseil pratique : Optez pour Macompta pour optimiser vos coûts sans sacrifier l’efficacité.

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Tiime propose une solution mobile-first adaptée aux entrepreneurs souvent en déplacement. Avec ses fonctions de facturation simplifiées, synchronisation bancaire et liaison directe avec votre expert-comptable, vous pilotez votre activité financière directement depuis votre smartphone.

Conseil pratique : Idéal pour les professionnels toujours en déplacement et ayant besoin de flexibilité.

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FAQ

Un logiciel de comptabilité en ligne est une application accessible par internet qui permet de gérer facilement la comptabilité, la facturation, la TVA et le suivi financier d’une entreprise, sans installation requise.

Parmi les plus simples figurent Abby, Indy et Henrri, appréciés pour leur facilité d'utilisation et leur prise en main rapide.

Indy ou Abby sont particulièrement adaptés aux micro-entrepreneurs, grâce à leur simplicité et leur gestion automatisée des déclarations fiscales.

Si vos besoins sont basiques, un logiciel gratuit (Henrri, Abby) suffit. Si vous recherchez des fonctions avancées (prévisions financières, CRM intégré), optez pour une version payante (Pennylane, Axonaut).

Les logiciels déjà conformes à la réglementation sont notamment Indy, Pennylane, Cegid et Evoliz.

Les logiciels déjà conformes à la réglementation sont notamment Indy, Pennylane, Cegid et Evoliz.

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